O laboratório de Fitoplâncton foi idealizado no âmbito da Base Oceanográfica Atlântica, implantada em abril de 1978, ano no qual também foi aprovado pela CAPES, o Mestrado em Oceanografia Biológica na FURG. O laboratório de Fitoplâncton foi integrado ao núcleo de Oceanografia Biológica da Base Oceanográfica Atlântica, que era composta por cinco núcleos, incluindo os de Oceanografia Geológica, Oceanografia Físico-Química, Avaliação Pesqueira e Tecnologia Alimentar do Pescado. 

As atividades no laboratório de Fitoplâncton começaram nesta época, com a participação de docentes da FURG e dos doutores Loic Charpy e Claude Charpy-Roubaud, pesquisadores franceses especialistas em fitoplâncton. Inicialmente, houve a organização do laboratório e a aquisição dos primeiros instrumentos essenciais para o estudo de fitoplâncton, que foram um microscópio invertido Nikon equipado com acessório de contraste de fase para a análise dos organismos, e um fluorímetro Turner para a análise de sua biomassa através da dosagem do pigmento clorofila a, tanto in-situ como em laboratório, os quais foram utilizados nos primeiros estudos.

Em 1984, com a contratação da professora Dra. Clarisse Odebrecht, foi iniciada no laboratório, a primeira dissertação de mestrado sobre o fitoplâncton de Paulo Cesar Abreu, que analisou a variabilidade temporal de curta escala (horas) ao longo de 30 dias nas quatro épocas do ano, no canal de acesso ao estuário. A estrutura de apoio para a realização deste trabalho foi um túnel no Terminal de Containers do Superporto de Rio Grande, e o grande auxílio do técnico Valnei Rodrigues (Foto 1). Verificada a variabilidade do fitoplâncton no canal de acesso do estuário, o passo seguinte foi o de avaliar o ciclo anual do fitoplâncton em local próximo do Porto Rei, Ilha dos Marinheiros, com base em coletas semanais. Em duas dissertações (Marli Bergesch e Luiz Antonio Proença) e uma tese de doutorado (Paulo Cesar Abreu) ficou claro que a variabilidade entre os anos era muito grande, e que, para se entender de forma mais ampla os processos no estuário da Lagoa dos Patos, seria necessária uma avaliação mais prolongada, dando origem assim ao programa de monitoramento contínuo, com coletas mensais, desde o ano de 1992. Atualmente esta atividade está integrada ao programa de Pesquisa Ecológica de Longa Duração (PELD-FURG). Nos anos de 1987 e 1988, o laboratório participou dos projetos multidisciplinares “Lagoa dos Patos” e ECOPEL (Estudo do Ecossistema Pelágico do Extremo Sul do Brasil), financiados pela CIRM, cujo aporte foi importante para a aquisição de novos microscópios e instrumento contador de cintilação líquida para a implantação de análises de produção primária pelo método do Carbono radioativo. Todos os trabalhos sempre contaram com a grande motivação de alunos de graduação e de pós-graduação, tão importante nos estudos sobre a ecologia do fitoplâncton. Em 1990, Áurea Maria Ciotti desenvolveu o estudo pioneiro sobre o fitoplâncton na plataforma continental e talude do Rio Grande do Sul, desenvolvido a bordo do Navio Oceanográfico Atlântico Sul (Foto 2) no qual foi constatada a importância do aporte da descarga da Lagoa dos Patos, bem como da presença de diferentes massas de água, associada aos processos oceanográficos na região do extremo sul do Brasil, nas variações da biomassa do fitoplâncton.

Com a contratação no ano de 1991, da professora Dra. Virginia Maria Tavano, na especialidade de produção primária e fisiologia do fitoplâncton e, em 1993, do professor Dr. Paulo Cesar Abreu, na especialidade de ecologia de microorganismos, configurou-se um grupo de pesquisa de formação diversa e com capacidade de avançar estudos nos vários aspectos da biologia dos organismos microscópicos (bacterioplâncton, fitoplâncton e protozooplâncton), justificando a mudança de nome para Laboratório de Ecologia de Fitoplâncton e Microorganismos Marinhos. Estudos sobre a taxonomia, fisiologia e produção primária do fitoplâncton marinho, estuarino, especialmente na Lagoa dos Patos e ambientes costeiros adjacentes, mas também em toda região do Oceano Atlântico Sul Ocidental e a Antárctica foram desenvolvidos a partir de então, gerando informações importantes para a compreensão do funcionamento dos ecossistemas e seu possível manejo. Em pesquisas aplicadas, participantes do grupo tem atuado na avaliação de impactos ambientais (EIA-RIMA), e o conhecimento gerado tem repercussão direta nos problemas ambientais causados por microalgas tóxicas e no uso de microorganismos na aquacultura. Projetos na área de Biotecnologia também foram desenvolvidos, com a produção de microalgas com potencial de aplicações de interesse econômico como biocombustíveis e outros elementos.

Este grupo de pesquisadores desenvolveu e estabeleceu programas de pesquisa de âmbito nacional e internacional por mais de 30 anos, sendo responsável pela formação de bacharéis, mestres e doutores dos cursos de graduação em Oceanologia e Biologia, pós graduação em Oceanografia Biológica, Oceanografia Física-Química e Geológica e Aquacultura, a maioria dos quais hoje atuam profissionalmente em outras Universidades ou Institutos de pesquisa no País e no exterior. Toda a produção científica é divulgada em periódicos nacionais, internacionais e livros, sendo que os principais resultados dos estudos estão disponibilizados como artigos publicados em periódicos, capítulos de livros, livros e outras formas de divulgação, como anais de conferências e revistas de divulgação científica. A maioria dos trabalhos podem ser visualizados em nossa lista de publicações no menu principal da página.

Após a aposentadoria dos quatro docentes (Clarisse, Marli, Virginia e Paulo) em um curto espaço de tempo (2016 a 2018), foram garantidas somente duas novas contratações devido as restrições orçamentárias que enfrentam as universidades federais no Brasil. Atualmente, o laboratório é liderado pelos professores Dr. Carlos Rafael Borges Mendes desde 2018, e Dra. Fernanda Giannini desde 2019 que, além de manterem o alto nível de qualidade em ensino e pesquisa, vêm implementando e estabelecendo novas linhas temáticas, como a quimiotaxonomia e a bio-ótica, aplicadas ao estudo do fitoplâncton. A técnica Dra. Savenia Bonoto Silveira, com especialidade em cultivo de microalgas, veio a substituir Valnei Rodrigues, agora dividindo o tempo nas atividades de dois laboratórios (Fitoplâncton e Zooplâncton).

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